L'Ufficio RUNTS è una struttura presente in ogni Regione e Provincia autonoma, oltre che presso il Ministero del Lavoro e delle Politiche Sociali, con i nomi di "Ufficio regionale", "Ufficio provinciale" e "Ufficio statale" del RUNTS. Ogni ufficio ha una competenza territoriale specifica.
Questi uffici svolgono tutte le funzioni indicate nell'articolo 4 del D.M. 106/2020. Tra le loro responsabilità ci sono la conferma dell'iscrizione di un ETS, l'invio di comunicazioni di diffida in caso di mancati adempimenti relativi alle comunicazioni obbligatorie (come l'aggiornamento dei dati, la presentazione dei bilanci annuali, il parere sulla devoluzione patrimoniale e altro ancora).