Si crea un "periodo transitorio" piuttosto delicato dal punto di vista fiscale. Prima dell'iscrizione, l'associazione deve attenersi alle regole del TUIR, dato che dal 2026 non sarà più possibile utilizzare la vecchia "decommercializzazione" dei corrispettivi se non si è iscritti al RUNTS. Dopo l'iscrizione, invece, si potrà accedere al regime forfettario per le APS (Art. 86 CTS) e alla decommercializzazione dei servizi, come ad esempio i corsi.
Attenzione: se si ricevono quote (per esempio per i corsi) prima di aver ottenuto il decreto di iscrizione al RUNTS, tali entrate potrebbero essere considerate commerciali e quindi soggette a tassazione ordinaria. Questo perché non si applicano più le vecchie tutele del TUIR, né ancora quelle del Terzo Settore. È quindi importante controllare con attenzione la PEC; la data del decreto di iscrizione rappresenta il momento preciso che distingue tra l'obbligo di pagare le tasse sulle rette dei corsi e la possibilità di considerare tali entrate come istituzionali esenti.